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ClinGen PP3/BP4更新建議:錯(cuò)義變異計(jì)算工具校準(zhǔn)及致病性分類
發(fā)布時(shí)間:2023-01-11 19:00:00來源:

美國醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)與基因組學(xué)學(xué)會(huì)和分子病理學(xué)協(xié)會(huì)(ACMG/AMP)關(guān)于解釋序列變異的建議指出,根據(jù)多個(gè)計(jì)算機(jī)預(yù)測(cè)工具結(jié)果使用支持性證據(jù),即支持致病(PP3)或支持良性(BP4)。然而,由工具開發(fā)人員定義的評(píng)分閾值及需要多個(gè)預(yù)測(cè)結(jié)果一致的ACMG/AMP建議均缺乏定量支持。之前,ACMG/AMP建議量化證據(jù)等級(jí)(支持、中等、強(qiáng)、非常強(qiáng))。ClinGen的專家們將這個(gè)框架擴(kuò)展到軟件預(yù)測(cè),并引入了一個(gè)新的標(biāo)準(zhǔn),即將軟件預(yù)測(cè)的分?jǐn)?shù)轉(zhuǎn)換為PP3和BP4的證據(jù)強(qiáng)度。該方法基于估計(jì)局部陽性預(yù)測(cè)值,并可以校準(zhǔn)每種變量類型的計(jì)算工具或其他連續(xù)規(guī)模性證據(jù)。專家們使用挑選過的數(shù)據(jù)集評(píng)估了13種錯(cuò)義突變預(yù)測(cè)工具的致病性和良性證據(jù)強(qiáng)度對(duì)應(yīng)的閾值。根據(jù)新閾值結(jié)果,發(fā)現(xiàn)大多數(shù)工具達(dá)到了致病性和良性分類的支持水平,多個(gè)工具達(dá)到了中等水平,有幾個(gè)工具達(dá)到了強(qiáng)水平,有一個(gè)工具達(dá)到了非常強(qiáng)水平。基于這些發(fā)現(xiàn),專家們提出了根據(jù)單個(gè)預(yù)測(cè)工具結(jié)果對(duì)ACMG/AMP標(biāo)準(zhǔn)的PP3和BP4進(jìn)行循證修訂的建議,以及對(duì)臨床解釋計(jì)算方法的未來評(píng)估。


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